כאב של הקרקפת יכולה להיגרם על ידי מספר תנאים ומחלות. כאב ראש מתח פשוט יכול להפוך את הקרקפת להרגיש שלא בנוח. לפעמים, פטרייה כמו גזזת או טפילים כגון בכינים לגרום הקרקפת כדי להיות כואבת. לעיתים נדיר, כאב קרקפת נגרם על ידי מחלות כרוניות, מחלות או הפרעות אוטואימוניות.